По итогам Первого этапа, по 8 (восемь) команд из каждой Конференции получают право участия во Втором этапе Чемпионата (серии игр плей-офф). В каждой Конференции команды получают номера «посева» в очередности, согласно набранным очкам. В каждой Конференции первые два номера «посева» получают команды, занявшие первые места в своих Дивизионах в очередности, согласно набранным очкам. В Конференции «Восток» номера «посева» с 3-го по 8-й получают команды, набравшие наибольшее количество очков по итогам Первого этапа Чемпионата вне зависимости от Дивизиона в котором они играли. В Конференции «Запад» номера «посева» с 3-го по 8-й получают команды, набравшие наибольший показатель процента набранных очков по итогам Первого этапа Чемпионата вне зависимости от Дивизиона в котором они играли. Преимущество своей площадки на всех стадиях розыгрыша получают команды с более высоким номером «посева». В каждой Конференции пары для каждой стадии плей-офф формируются по принципу: наиболее высокий номер «посева» играет с наименьшим номером «посева», второй по счету – с предпоследним, и т.д.
В каждой Конференции серии матчей 1/2 финала проводятся до трех побед, максимальное количество матчей – пять. Первые два матча и, в случае необходимости, пятый матч проводятся на полях клубов, имеющих более высокий номер посева в паре. Победителем серии становится команда, победившая в трех матчах серии. Команда, проигравшая в серии три матча, прекращает свое участие в Чемпионате. Матчи проводятся в следующие сроки:
Конференция «ЗАПАД»: 18, 19, 22, 23 и 26 марта 2012 года.
Конференция «ВОСТОК»: 19, 20, 23, 24 и 27 марта 2012 года.